早期花窗玻璃多以圣经故事为内容，以光线配合图案的效果感动信徒。而一些教会所在地本地的传说和神话，也会进入其主题之中。近代以来，花窗玻璃彩色玻璃不仅出现在教堂，也在许多一般建筑、室内空间、产品中获得应用。

彩色玻璃可以说是哥特式大教堂最重要的方面之一，随着彩绘玻璃的流行，主要是在12世纪中叶，彩绘玻璃的出现使一般民众学习宗教的方式发生了重大变化，窗户让圣经故事变成了视觉体验
随着那个年代的建筑变得更加华丽，彩色玻璃窗也顺应这一潮流，变得更大更精致。虽然彩色玻璃的发展在文艺复兴时期陷入了停滞，但后来人们对中世纪教堂又重新产生了兴趣，再加上对中世纪玻璃设计和制造原理的复原，彩色玻璃这一艺术形式得到了复兴。
彩色玻璃已经使用了数千年，这种由透明玻璃粉碎后，用特殊工艺染色制成的装饰玻璃，从7世纪开始就用于教堂和修道院装修。