教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。

彩色玻璃艺术也将12和13世纪的光学技术在巴黎圣母院这个哥特建筑中的一个很伟大的成就之一。这场大火，使得原来的彩色玻璃几乎没有保留，所幸的是有标志性和不可复制性的三朵位于大教堂三个主要入口的玫瑰窗幸存下来。同时这个描绘亚当夏娃的诱惑的小彩色玻璃也是这场劫难中的幸存物。
随着那个年代的建筑变得更加华丽，彩色玻璃窗也顺应这一潮流，变得更大更精致。虽然彩色玻璃的发展在文艺复兴时期陷入了停滞，但后来人们对中世纪教堂又重新产生了兴趣，再加上对中世纪玻璃设计和制造原理的复原，彩色玻璃这一艺术形式得到了复兴。
而教堂的彩色玻璃，不仅给教堂内带来了光明，也给教堂笼罩上一种神秘的氛围。彩色玻璃上都是一些宗教故事，是为了当年一些不识字的信徒更直观地了解宗教而制作的。